মালশন গিরিগ্রাম উচ্চ বিদ্যালয়ে ষষ্ঠ থেকে দশম শ্রেণি পর্যন্ত শিক্ষার্থীদের জন্য সুসংগঠিত পাঠ্যক্রম অনুসরণ করা হয়। প্রতিটি শ্রেণিতে শিক্ষার্থীরা বাংলা, ইংরেজি, গণিত, বিজ্ঞান, সমাজবিজ্ঞান, ইসলাম শিক্ষা/নৈতিক শিক্ষা এবং অন্যান্য সমন্বিত বিষয় অধ্যয়ন করে। পাঠ্যক্রমে শিক্ষার্থীদের নৈতিক মূল্যবোধ, বিশ্লেষণাত্মক চিন্তাভাবনা এবং সমস্যা সমাধানের দক্ষতা বিকাশে বিশেষ গুরুত্ব দেওয়া হয়।

শিক্ষার্থীরা নিয়মিত অভ্যন্তরীণ মূল্যায়ন, পরীক্ষা ও প্রজেক্ট কার্যক্রমের মাধ্যমে বিষয়ভিত্তিক জ্ঞান অর্জন করে। এছাড়া কম্পিউটার, বিজ্ঞান ল্যাব এবং সহশিক্ষা কার্যক্রমের মাধ্যমে শিক্ষার্থীরা প্রযুক্তিনির্ভর দক্ষতা এবং সৃজনশীলতা অর্জন করতে পারে। এই সমন্বিত পাঠ্যক্রম শিক্ষার্থীদের কেবল জ্ঞানদক্ষই নয়, বরং মানসম্পন্ন ও মানবিক গুণাবলীতে সমৃদ্ধ নাগরিক হিসেবে গড়ে তোলার লক্ষ্য নিয়ে গঠিত।